Esta sección muestra las metodologias de monitoreo de los diferentes ecosistemas indicadores de la biodiversidad de las zonas marino-costeras. En la primera etapa, el proyecto se limitará a sistematizar las metodologías de monitoreo para cuatro indicadores prioritario, apoyados en metodologías estandarizadas por organismo internacionales.

Las fichas y protocolos han sido seleccionados bajo criterios de expertos, dejando para etapas posteriores la sistematización de otros indicadores. Los arrecifes de coral, las praderas o pastos marinos y los manglares brindan una variedad de servicios ecosistémicos que son importantes para las comunidades. Estos incluyen servicios de aprovisionamiento. 

El monitoreo de la calidad de agua busca dar información a los científicos y tomadores de decisiones para identificar el tipo de contaminación que se encuentra en estos ambientes, que afecta los ecosistemas marítimos y qué impacta  salud de la población. Pretendemos además identificar las fuentes contaminantes con miras a tomar decisiones torno a ello.